Zeit von 2. Hälfte 12. Jh. bis 1654

Vor der Reformation gab es schon eine kleine Chororgel mit 6 Registern auf einem Manual (Erbauer unbekannt), die an der Nordwand des Altarraumes hing. Später wurde noch eine größere Orgel gebaut (Erbauer ebenfalls unbekannt). 1654 wurde die Stiftskirche infolge Brandstiftung größtenteils zerstört und auch die große Orgel fing durch herabstürzende Teile Feuer. Die Orgelbälge und die Gebläsekammer konnten durch beherzte Männer gelöscht werden.

Zeit ab 1658 – 1740

1658 war die Kirche wieder hergestellt, und die große Orgel wurde vom Chemnitzer Orgelbauer Hanß Forbig notdürftig repariert. Im Rahmen des Kontraktes von 1739 mit dem Orgelbauer Johann Christoph Gottlob Donati wurde die Orgel um ein 2. Manual und 1 Pedal erweitert. Sie hatte dann 16 Register. Die Orgelabnahme und –weihe erfolgte am 25.12.1740 durch den Rochlitzer Organisten Theodorus Gerlach. Die kleine Orgel wurde entfernt.

Zeit ab 19. Jh. bis Gegenwart

1959 wurde mit der Restauration der Stiftskirche begonnen. Dabei wurde die Eule-Orgel entfernt, und an deren Stelle sollte ein Werk des Potsdamer Orgelbauers Hans-Joachim Schuke Aufstellung finden. Dieses Projekt kam aber nicht zustande. 1961 kaufte man die 1741 von Donati erbaute Orgel für die Schloßkapelle Lichtenwalde – 1945 durch russische Soldaten zerstört – vom Rat des Kreises Flöha ab. Hans Eule rekonstruierte das Instrument und passte es an die Stiftskirche an. Die Aufstellung erfolgte zunächst an der Südseite der Empore. 1962 wurde sie vom Zwickauer Domorganisten Günter Metz eingeweiht. Auf 2 Manualen und Pedal waren 14 klingende Register vorhanden sowie die Nebenzüge Pedalkoppel, Manualschiebekoppel, Klingel zum Calcant, Tremulant und Zimbelstern. Sie hatte insgesamt 792 Pfeifen. Traktur und Registratur sind rein mechanisch. 1982 fand die Orgel mittig auf der Westempore ihre endgültige Aufstellung und wurde farblich gefasst. Gemäß Kaufvertrag vom Juni 2008 zwischen Land Sachsen und der Stiftskirchgemeinde wurde sie 2009 wieder in der sanierte Schloßkapelle Lichtenwalde aufgestellt. Dort erfolgte dann Restaurierung und Rückbau in den ursprünglichen Zustand. Die Arbeiten wurden von der Firma Vogtländischer Orgelbau Thomas Wolf Limbach bei Reichenbach ausgeführt. Zunächst war sie nur eingeschränkt bis Januar 2012 benutzbar, wurde dann noch einmal ausgebaut, um den barocken Klang wieder herzustellen. Die feierliche Orgel-Wiedereinweihung fand am 10. Juni 2012 statt.

Die gegenwärtige Orgel ist ein Werk der Firma Jehmlich Orgelbau Dresden GmbH und wurde 2010 als Opus 1163 erbaut. Die Orgelweihe fand am 1. Advent 2010 (28.11.2010) im Rahmen eines Festgottesdienstes statt. Die Orgel besitzt 15 klingende Register. die auf 2 Manualen und Pedal verteilt sind. Die Spiel- und Registertraktur ist rein mechanisch. Auf den Schleifwindladen stehen insgesamt 1042 Pfeifen. Das 2,5 Tonen schwere Orgelwerk ruht auf einer Stahlträgerplattform auf der Westempore. Durch die moderne und schlichte Orgelprospektgestaltung wurde die Sichtbarkeit des Westchorfensters weitestgehend erhalten. Die bogenförmigen Prospektturmabschlüsse bestehen aus speziell gestaltetem Buntglas in Edelstahlrahmen, die je nach Tageszeit und Sonneneinfall durch das Kirchenfenster interessante und ständig wechselnde Lichtreflexionen in den Glaselementen entstehen lassen.